การบำบัดน้ำเสียด้วยจุลินทรีย์เป็นกระบวนการบำบัดน้ำทางชีวภาพ (Biological Treatment Process) โดยจุลินทรีย์จะกำจัดหรือย่อยสลายไนโตรเจน ฟอสฟอรัส สารอินทรีย์เช่น ไขมัน (grease and oil) สารอนินทรีย์ สิ่งสกปรกหรือตะกอนต่างๆ ซึ่งละลายอยู่ในน้ำให้มีค่าไม่เกินมาตรฐานหรือมีลักษณะทางกายภาพเป็นที่ยอมรับได้เช่น มีความใส ไม่เป็นสีดำและไม่มีกลิ่นเหม็น
เนื่องจากสภาพน้ำทิ้งและน้ำเสียในแต่ละที่มีความแตกต่างกัน การกำจัดสิ่งปนเปื้อนเพื่อให้น้ำมีคุณภาพตามที่ต้องการ เราควรจะต้องเลือกใช้จุลินทรีย์ที่มีความเหมาะสมเพราะจุลินทรีย์แต่ละชนิดก็มีความสามารถแตกต่างกัน บางชนิดสามารถย่อยสลายแอมโมเนีย ไนไตรท์และไนเตรทซึ่งเป็นอันตรายต่อสัตว์น้ำ บางชนิดย่อยสลายสารประกอบซัลเฟอร์ช่วยป้องกันและแก้ไขปัญหาน้ำที่เป็นสีดำ มีกลิ่นเหม็น การบำบัดน้ำเสียโดยใช้จุลินทรีย์
ผลงานของจุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียตราโต๊ตโตะ
ดับกลิ่นเหม็นของน้ำเสียจากยางพารา ลานรับซื้อน้ำยาง โรงงานอุตสาหกรรมต่างๆ เช่น โรงงานน้ำตาล โรงงานแป้งและผลิตภัณฑ์จากแป้งอื่นๆ ฯลฯ